ภาควิชาปรสิตวิทยา เดิมเรียกว่า “ปาราสิตวิทยา” เป็นหน่วยหนึ่งของภาควิชาพยาธิวิทยา แต่เนื่องจากวิชา ปรสิตวิทยาทางการแพทย์ (Medical Parasitology) เป็นวิชาที่ศึกษาเกี่ยวกับสิ่งมีชีวิตซึ่งทำให้เกิดโรคกับคน หรือเป็นตัวนำโรคมาสู่คน และศึกษาเรื่องราวความสัมพันธ์ระหว่างคนกับสัตว์หลายพวกหลายชนิดด้วยกัน ปาราสิตวิทยาจึงถือได้ ว่าเป็นวิชาที่สำคัญมากวิชาหนึ่งในการศึกษาแพทยศาสตร์

เมื่อวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2510  สภาการศึกษาแห่งชาติจึงมีมติให้แยกจากภาควิชาพยาธิวิทยาออกมาเป็น ภาควิชาปาราสิตวิทยา  โดยมี ศาสตราจารย์ นายแพทย์อานนท์ ประทัตสุนทรสาร โดยท่านสำเร็จการศึกษาจาก  มหาวิทยาลัย Tulane สหรัฐอเมริกา สาขาสาธารณสุขศาสตร์และเวชศาสตร์เขตร้อน ได้รับแต่งตั้งเป็นหัวหน้าภาควิชาฯ เป็นท่านแรก

ต่อมาทบวงมหาวิทยาลัยได้เปลี่ยนชื่อจาก “ภาควิชาปาราสิตวิทยา” เป็น “ภาควิชาปรสิตวิทยา” เมื่อภายหลังจากแยกจากภาควิชาพยาธิวิทยาในระยะแรก สำนักงานภาควิชาปรสิตวิทยายังคงอยู่ที่ตึกพยาธิวิทยาช่วงระยะหนึ่ง ต่อมาภาควิชาได้ย้ายสำนักงานมาที่ตึกนิติเวชศาสตร์

ปี พ.ศ. 2526 ได้มีการก่อสร้าง “ตึกอานันทมหิดล” โดยชั้นล่างใช้เป็นอาคารบริหารงานของคณะ ภาควิชาปรสิตวิทยาได้ย้ายที่ตั้งสำนักงานใหม่มาอยู่ที่ชั้น 6 ในอาคารดังกล่าว

ในปี พ.ศ. 2544  เมื่อคณะแพทยศาสตร์ได้มีการก่อสร้างอาคาร อปร. เพื่อรองรับนิสิตที่เพิ่มจำนวนมากขึ้น

สำหรับการเรียนการสอนในรายวิชาปรีคลินิก ภาควิชาปรสิตวิทยาจึงได้ย้ายมาอยู่ที่อาคาร อปร. ชั้น 18 มาจนถึงปัจจุบัน

ภาควิชาปรสิตวิทยาเน้นความสำคัญของการถ่ายทอดองค์ความรู้ทางปรสิตวิทยาให้กับนิสิตแพทย์นิสิตระดับบัณฑิตศึกษาและบุคลากรทางการแพทย์ โดยให้ความรู้และความเข้าใจในโรคปรสิตที่พบและเป็นปัญหาของประเทศรวมทั้งโรคปรสิตที่สำคัญที่อาจมีการติดเชื้อข้ามพรมแดนระหว่างประเทศในยุคโลกาภิวัตน์นอกจากนี้ภาควิชายังได้ให้บริการตรวจหาและให้การรักษาโรคปรสิตแก่ผู้ป่วยที่มารักษาในโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ และให้คำปรึกษาโรคปรสิตกับแพทย์ทั่วไป ในแต่ละปีมีผู้ป่วยที่มารับบริการตรวจทางห้องปฏิบัติติการของภาควิชาปรสิตวิทยาประมาณ 30,000 ราย รวมทั้งการให้บริการตรวจโรคปรสิตแก่ชุมชนร่วมกับโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์อย่างสม่ำเสมอ

เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงและการพัฒนาในศาสตร์ด้านอิมมูนวิทยาอณูชีววิทยาและศาสตร์แขนงอื่นๆ ทำให้มีการผสมผสานความรู้ดังกล่าวกับการศึกษาวิจัยทางปรสิตวิทยา นอกเหนือไปจากการศึกษาทางสัณฐานวิทยา ดังนั้นภาควิชาปรสิตวิทยานอกจากจะยึดถือนโยบายเดิมแล้วยังได้สอดแทรกและประยุกต์ศาสตร์ ดังกล่าวเพื่อการเรียนการสอน การวิจัย และการบริการด้านปรสิตวิทยาให้ทันสมัยและเหมาะสมกับภาวะการณ์ในปัจจุบัน รวมทั้งการเตรียมพร้อมสำหรับการเปลี่ยนแปลงในอนาคตเพื่อให้เกิดความก้าวหน้าต่อภาควิชาปรสิตวิทยา คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ต่อไป

ฝ่ายปรสิตวิทยา มีการกำหนดนโยบายคุณภาพให้สอดคล้องกับวิสัยทัศน์ของโรงพยาบาลที่มุ่งให้ “โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย และคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นสถาบันต้นแบบทางการแพทย์ที่มีคุณธรรม ด้วยคุณภาพมาตรฐานระดับนานาชาติ”